Фамилия Слобонюк — редкий пример, где корень почти наверняка указывает на географическое происхождение или место жительства, но не через стандартный суффикс принадлежности, а через западноукраинский патронимический формант. Основа «Слобон-» восходит к слову слобода (свободное поселение, освобождённое от податей). В украинском языке это слово дало варианты «слобода», «слобідка», а в говорах — «слобонька». Фамилия образована по продуктивной для западных регионов Украины модели: к основе на согласный добавляется суффикс -юк (вариант -ук, -чук), который изначально означал «сын» или «потомок» (ср. Шевчук, Ковальчук). Таким образом, Слобонюк — это «сын человека из слободы» или «потомок того, кто жил на слободе».

Географически фамилия тяготеет к Волыни, Полесью и Ровенской области, где формант -юк особенно распространён. Встречается она и на юго-западе Беларуси (Брестчина), где слободы как тип поселений были широко известны. В отличие от фамилий типа Слободской или Слободчиков, которые могли указывать на административную должность или статус, Слобонюк — более «низовая» фамилия, закреплявшая за родом прозвище по месту выхода: «наш род из Слободы» или «мы слобонские».

Суффикс -юк в украинской ономастике часто имеет оттенок уменьшительности или молодости, но в фамилиях он давно утратил это значение и стал просто показателем родства. Интересно, что в русских говорах слово «слобоня» могло означать вольного, свободного человека, но для фамилии Слобонюк эта версия менее вероятна: суффикс -юк в русской фамильной модели почти не встречается, а вот в украинской — основная масса.

Спорных версий у этой фамилии немного. Иногда её пытаются связать с диалектным «слобонити» (освобождать), но это натяжка: глагольные основы в фамилиях на -юк редки, и они обычно указывают на профессию (Ковалюк — от «коваль»), а не на действие. Правдоподобнее всего — топонимическая версия: предок носителя фамилии был выходцем из одного из многочисленных сел с названием Слобода, Слободка или Слобонь. В ономастическом словаре Б. Унбегауна модель «название поселения + -юк» описывается как одна из типичных для украинских патронимических фамилий, и Слобонюк вписывается в этот ряд без натяжек.