Фамилия Слойковская образована по типичной восточнославянской модели с суффиксом -ск-, который в женском роде даёт окончание -ая. Такие фамилии обычно указывают на географическое происхождение: предок носителя был выходцем из места с названием Слойково, Слойки или похожим. В основе лежит слово «слой» — в древнерусском языке оно означало не только геологический пласт, но и ряд, порядок, а также могло быть прозвищем человека плотного, «слоёного» телосложения. В польском языке «słój» — это банка, сосуд, но для фамилии с корнем «слой-» такое объяснение менее вероятно, так как польские фамилии на -овский обычно имеют другую огласовку.

Первичная форма — Слойковский — принадлежала мужчине, а Слойковская закрепилась за его женой или дочерью. Судя по структуре, фамилия могла сформироваться в среде шляхты или однодворцев, где топонимические фамилии на -ский были особенно распространены в XVI–XVII веках. Встречаются варианты написания через «е» — Слойковский, Слойковская, что связано с диалектным произношением или ошибками при записи в метрических книгах.

Географически фамилия редкая. Основные корни, вероятно, лежат в западных регионах бывшей Речи Посполитой — на территории современной Беларуси или Украины, где топонимы с корнем «слой-» встречаются чаще. В России Слойковские могут быть потомками переселенцев, получивших фамилию по названию утраченного хутора или деревни.

В словарях русских фамилий (Унбегаун, Никонов) эта фамилия не фиксируется как массовая, что подтверждает её локальный характер. В отличие от более частых Слоевых или Слойкиных, Слойковская сохраняет книжный, «дворянский» суффикс, что не обязательно говорит о высоком происхождении — в XIX веке такую форму могли принять и крестьяне при выдаче паспортов, подражая моде. Точное место и время возникновения фамилии без генеалогического поиска установить сложно, но её обладатели могут с уверенностью считать, что их предки жили в месте, названном по какому-то характерному признаку — слою земли, пласту в рельефе или прозвищу первого поселенца.