Фамилия Смеркина — женская форма, а её мужской вариант Смеркин. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Смерк, и здесь главная интрига: что оно означало. Самое прямое и напрашивающееся объяснение — связь со словом «смеркаться», то есть «темнеть». Прозвище Смерк мог получить человек смуглый, темноволосый или тот, кто родился в сумерки. Такие «временные» имена по обстоятельствам рождения (Вечер, Сумерка, Ночка) были в ходу у восточных славян, и фамилии от них — не редкость.

Но есть и менее очевидная версия, которую стоит рассмотреть. В некоторых говорах «смерк» или «смерка» означало не просто темноту, а нечто гнетущее, унылое, «смурное». Сравните с диалектным «смерклый» — хмурый, пасмурный. В этом случае прозвище могло закрепиться за человеком угрюмым, неразговорчивым. Другой, совсем редкий вариант — искажённое «смерд»? Но это маловероятно: фонетически переход «д» в «к» нехарактерен, и фамилия Смердов существует отдельно, не смешиваясь со Смеркиными.

Модель образования простая: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — сын или потомок Смерка. Фамилия относительно редкая, её география не привязана к одной области: носители встречаются и в центральных регионах России, и в Поволжье. По сословной принадлежности — почти наверняка крестьянская или мещанская, без дворянских корней. Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего будут Смерков, Смерчков (от уменьшительного Смерчок) и, возможно, Смертин, если допустить, что основа не «смерть», а тот же «смерк» с озвончением. Но Смеркина — это именно история про сумерки и их отражение в прозвище предка.