Фамилия Смутковский образована по модели, характерной для польской и западнорусской шляхты: основа плюс суффикс -ский. Этот суффикс в XVI–XVII веках указывал на принадлежность к месту или роду, часто — на дворянское происхождение. В основе фамилии лежит прозвище или имя Смутко, которое, в свою очередь, восходит к прилагательному «смутный» — печальный, тревожный, либо к глаголу «смутить» — внести раздор, сбить с толку. Так могли прозвать человека задумчивого, угрюмого или, наоборот, склонного к ссорам и спорам.

Менее вероятна, но возможна топонимическая версия: фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта вроде Смутки или Смутков, каких на картах Польши, Беларуси и Украины встречается несколько. В таком случае Смутковский — человек, владевший или происходивший из такого места. Однако прямых документальных подтверждений существования крупного села с таким именем нет, поэтому прозвищная версия остаётся основной.

С точки зрения словообразования, Смутковский — типичная фамилия на -овский, где -ов- — притяжательный суффиксальный элемент, а -ский — окончательный оформитель. Сравните с однокоренными Смутко, Смутнов, Смутников. Ударение в фамилии, судя по аналогии с другими на -овский, падает на второй слог: Смутко́вский.

Сословный статус носителей в прошлом мог быть разным. С одной стороны, окончание -ский в Российской империи часто носили дворяне, особенно выходцы из Речи Посполитой. С другой стороны, в XIX веке такие фамилии массово получали и бывшие униатские священники, и мещане, и крестьяне при переходе в православие. Однозначно утверждать, что все Смутковские — потомки шляхты, нельзя, но доля дворянских родов с такой фамилией действительно встречается в губерниях бывшего Великого княжества Литовского — на территории современной Беларуси и Смоленщины.

Фамилия редкая. В современных российских телефонных справочниках и базах данных она фиксируется единично, чаще в западных областях, что подтверждает её польско-литовские корни.