Фамилия Смуткин образована от прозвища Смутка. В русских говорах слово «смуток» означало «смятение», «беспорядок», «тревогу», а также «спор», «ссору». Смуткой могли назвать беспокойного, суетливого человека или, наоборот, того, кто постоянно сеет раздоры. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Смуткин — сын Смутки.

Фамилия редкая, и её география тяготеет к северным и центральным областям России. Встречается в псковских, тверских и костромских архивах. Интересно, что слово «смута» в древнерусском языке имело и более конкретное значение — «мятеж, народное волнение». Однако связывать фамилию напрямую с событиями Смутного времени начала XVII века не стоит: прозвище Смутка могло появиться задолго до этого.

Встречается и альтернативная версия: Смутка — вариант имени Семён в некоторых диалектах. Семён через разговорные формы Сема, Семутка могло дать Смутка. Но это менее вероятно, так как промежуточная форма документально почти не фиксируется, а прозвищное значение «смута» гораздо прозрачнее.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» Смуткин не упоминается, но модель образования (основа на -а + -ин) типична для фамилий из прозвищ. Смуткины в XIX веке — в основном крестьяне и мещане, никаких дворянских родов с такой фамилией не известно.