Фамилия Сомони — редкий случай, когда фамилия почти наверняка имеет не славянское, а иранское происхождение. В русском языке она выглядит как застывшая форма родительного падежа (кого? — Сомони), но на деле это транслитерация таджикской или персидской фамилии, образованной от имени Сомон. В персидском и таджикском языках «сомон» означает жасмин (в русской передаче часто «саман» или «суман»), а также может быть именем собственным. Соответственно, Сомони — это «относящийся к Сомону», «потомок Сомона» или «принадлежащий жасмину» (по аналогии с русскими фамилиями от названий растений, но через имя).

Суффикс -и в таких фамилиях (встречается у таджиков, афганцев, иранцев) выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин: указывает на принадлежность к роду. Если бы фамилия была русской, она писалась бы как Сомонов или Сомонин, но форма на -и сохранила исходный облик. При этом в русском языке она склоняется как существительное женского рода (нет Сомони, к Сомони), что создаёт путаницу: её часто воспринимают как итальянскую или грузинскую из-за окончания, но этимология здесь другая.

Самая известная отсылка — династия Саманидов (Сомониён), правившая в Средней Азии в IX–X веках. Основатель династии Саман-худат носил имя, которое в современной таджикской передаче звучит как Сомон. Поэтому фамилия Сомони может быть топонимической или династической: её носители могли вести род из мест, связанных с этой исторической областью, либо получить фамилию в честь национального героя — Исмоила Сомони. В Таджикистане фамилия Сомони — одна из распространённых, особенно в Согдийской области и Душанбе, и часто встречается у людей, чьи предки были ремесленниками или торговцами в Бухарском эмирате.

Встречается и более прозаическая версия: от прозвища «сомон» — в некоторых тюркских диалектах этим словом называли солому или сено (от персидского «саман» — солома). Тогда Сомони — это «сын того, кто торговал сеном» или «потомок соломщика». Однако для таджикской среды первая версия (через имя и жасмин) правдоподобнее, так как слово «сомон» в значении «солома» в бытовой речи используется реже, чем как имя собственное.

Носители фамилии Сомони за пределами Средней Азии — это, скорее всего, потомки эмигрантов первой волны или советских специалистов, уехавших в Россию. В русских метрических книгах XIX века фамилия не фиксируется — она вошла в обиход уже в советское время, когда таджики и узбеки получили паспорта с записью фамилий по отцовской линии.