Фамилия Сонтоев — редкая и с точки зрения привычной русской словообразовательной модели неожиданная. В ней нет типичного славянского суффикса принадлежности (-ов, -ев, -ин), а есть окончание -ев, присоединённое к основе «Сонто». Это почти наверняка указывает на нерусское, скорее всего тюркское или монгольское происхождение. Такие фамилии характерны для бурят, калмыков, алтайцев или народов Северного Кавказа, у которых русская фамильная форма «накладывалась» на местное имя или прозвище.

Разбираем основу. Скорее всего, в её основе лежит имя Сонто (или Сонтоо). В бурятском и монгольском языках слово «сонто» означает «отличный», «особенный», «выдающийся». Имя Сонто могло даваться ребёнку как пожелание стать необычным, заметным человеком. Реже, но тоже вероятно, что корень восходит к тюркскому «сон» — «последний», «конец»: Сонто — «последыш», то есть младший, поздний ребёнок в семье. В любом случае, это личное имя, которое при переходе в фамилию оформилось по русскому образцу: Сонто + ев = «сын Сонто», «из рода Сонто».

Географически фамилия Сонтоев тяготеет к Бурятии и Иркутской области, реже встречается в Калмыкии и на Алтае. В дореволюционных записях её могли писать вариативно: Сонтоев, Сонтонов, Сонтаев — пока не закрепился современный вариант. Сословно носители фамилии относились в основном к бурятскому казачеству или крестьянству (инородцы), реже — к буддийскому духовенству.

Спорных версий здесь немного: иногда фамилию пытаются связать с итальянским «santo» (святой), но это явная натяжка — ни исторических, ни лингвистических связей с итальянским у фамилии нет. Правдоподобнее всего именно монгольско-бурятский след с пожелательным значением «особенный».