Фамилия Спафарис — редкий для России случай, когда прозвище пришло не из крестьянской или служилой среды, а из византийской придворной иерархии. Её основа — греческое слово σπαθάριος (спафарий), означавшее «меченосец», «оруженосец». В Византийской империи спафарии составляли личную гвардию императора и придворную стражу, а само звание было почётным титулом, который жаловали за службу. Фамилия, таким образом, не описывает внешность или род занятий предка, а указывает на социальный статус — человек мог происходить из семьи, где кто-то носил этот титул, или получить прозвище по аналогии с византийскими реалиями.

На русскую почву фамилия попала, скорее всего, через греческое духовенство или купечество, особенно после переселения греков в Россию в XVII–XVIII веках. Известен, например, Николай Спафарий (молдавский дипломат и писатель, в русской службе — Николай Гаврилович Спафарий), который в конце XVII века возглавлял русское посольство в Китай. Его фамилия — та же самая, но в румынизированной форме (Спатару), а русский вариант закрепился как Спафарий. Фамилия Спафарис — более прямая греческая форма, с окончанием -ис, характерным для новогреческих фамилий.

Словообразовательно фамилия проста: основа спафар- (от σπαθάριον, «меч») плюс греческий суффикс -ис, указывающий на принадлежность или происхождение. В русском языке она не адаптировалась типичными славянскими суффиксами (-ов, -ин), что сразу выдает её иноязычное происхождение. Носители фамилии Спафарис в России — потомки греческих переселенцев, расселившихся в южных губерниях, в Одессе, Таганроге, Мариуполе, а также в Москве и Петербурге.

В ономастических справочниках фамилия упоминается редко. Б. Унбегаун в «Русских фамилиях» относит её к группе греческих заимствований, но подробно не разбирает. Споров о происхождении практически нет: византийская версия единственная и непротиворечивая. Если искать параллели, то можно вспомнить фамилии Спатару (молдавская форма) или Спафари (итальянизированный вариант), но Спафарис — наиболее точная передача греческого оригинала.