Фамилия Спафаров — редкая и звучная, с ясной, но неочевидной для русского уха этимологией. Её основа восходит к греческому слову «спафарион» (σπαθάριον) — «меч», «короткий меч», а точнее — к византийскому придворному титулу спафарий (spatharios). Так называли телохранителя императора, дословно — «меченосца». В Византии этот титул был широко распространён, а с проникновением греческой культуры на Русь, особенно через церковные и дипломатические связи, мог перейти в фамильное прозвание.

Модель образования фамилии — типичная русская патронимическая (или вотчинная) модель на -ов, адаптировавшая иноязычную основу. То есть Спафаров — это «сын Спафара» или «из рода Спафаровых». Само прозвище Спафар, скорее всего, давали человеку, который имел отношение к греческой среде: либо потомку выходца из Византии, либо тому, кто служил при церкви и носил что-то наподобие меча (например, церковный страж), либо просто за воинственный нрав. В отличие от многих фамилий, образованных от мирских имён или ремёсел, Спафаров несёт отчётливый отпечаток византийской аристократической традиции.

Самая известная историческая фигура с этой фамилией — Николай Спафарий (Милеску), молдавский и русский дипломат, учёный и переводчик XVII века. Он служил в Посольском приказе при царе Алексее Михайловиче, возглавлял русское посольство в Китай и оставил подробные «Описания» Сибири и Китая. Хотя его фамилия писалась через «ий» (Спафарий), именно она дала жизнь более русифицированной форме Спафаров — так могли записать его детей или потомков его соратников, перебравшихся в Россию.

Географически фамилия Спафаров встречается крайне редко, в основном на юге России и в центральных областях, что связано с очагами греческого влияния. Среди носителей встречаются и потомки духовенства: в некоторых семинариях греческие фамилии давали воспитанникам за учёность или в память о византийских корнях. Споров о происхождении почти нет: греческая основа очевидна, а альтернативные версии, вроде связи с тюркским «спафар» (не зафиксированным в языках), лишены лингвистической опоры. Таким образом, Спафаров — это фамилия-маркер, указывающая на связь с византийской военной или дипломатической средой, адаптированная русской грамматикой.