Фамилия Стагнеева — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с характером или внешностью, а с конкретным действием или родом занятий. В её центре лежит слово «стагнуть» — диалектный глагол, который в ряде южнорусских говоров означал «стонать, охать, издавать протяжный звук от боли или усталости». Человек, которого прозвали Стагнем, мог быть либо тем, кто часто жаловался на жизнь, либо, что вероятнее, имел профессию, связанную с монотонным, тягучим звуком — например, бурлаком или грузчиком, работа которого сопровождалась ритмичными выкриками и стонами.

Суффикс -ев- указывает на типичную русскую модель образования: Стагнев — сын или потомок Стагня. Женская форма Стагнеева, таким образом, означает «принадлежащая роду Стагневых». Важно, что в фамилии сохраняется древняя основа без смягчения: «Стагн-», а не «Стягн-», что подтверждает её исконно диалектное, а не литературное происхождение. В официальных документах XIX века встречается вариант написания «Стагнеев», но форма с суффиксом -ев- (Стагнев/Стагнеева) закрепилась как более архаичная.

В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Стагнеева — чисто прозвищная. Её носители, скорее всего, происходили из крестьянской или мещанской среды южных губерний Российской империи (Курская, Орловская, Воронежская), где диалект «стагнуть» был в ходу. Фамилия не получила широкого распространения и осталась редкой, что типично для прозвищ, привязанных к конкретному говору или местному промыслу. Аналогов по модели почти нет: можно вспомнить разве что фамилию Стонушкин, но она образована от уменьшительной формы, а Стагнеева — от прямой, грубоватой основы.