Фамилия Стакене — редкая, и её происхождение напрямую связано с географией. Скорее всего, это латышская или литовская фамилия, оформленная по балтийской модели. Суффикс «-ене» в литовском языке указывает на женскую форму фамилии (например, мужская форма была бы Стакенас или Стакявичюс). Если фамилия латышская, то окончание «-е» — это падежная форма, и основа остаётся той же.

Корень «стак-» (лит. stakės, латыш. stakles) означает «ткацкий станок». В балтийских языках это слово прямо указывает на ремесло: предок человека с фамилией Стакене мог быть ткачом или владельцем ткацкой мастерской. В Литве и Латвии ткачество было одним из основных домашних промыслов, особенно в деревнях, и фамилии от орудий труда встречаются часто, хотя и не так массово, как от имён или прозвищ.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с литовским словом stakas («устой», «опора») или с диалектным прозвищем, данным человеку с устойчивым, крепким характером. Однако первая версия (от ткацкого станка) убедительнее, потому что в балтийской ономастике профессиональные прозвища, перешедшие в фамилии, хорошо документированы, а «Стакене» ложится в ряд однокоренных фамилий вроде Стакявичюс, Стакелис.

Встречается фамилия преимущественно на территории Литвы и в приграничных районах Латвии, а также среди потомков балтийских переселенцев в России. В дореволюционных метрических книгах Западного края (Ковенская, Виленская губернии) такие фамилии фиксировались в основном у крестьян и мещан, не имевших наследственного дворянства. Сословной привязки нет — это фамилия ремесленника или земледельца, который в свободное время ткал холсты на продажу.