Фамилия Стефиенко — характерный пример южнорусской и украинской модели фамилий на -енко. В отличие от северных и центральных регионов, где преобладали фамилии на -ов/-ев, на землях бывшего Запорожья и Слобожанщины суффикс -енко стал доминирующим патронимическим показателем. Он означал «маленький», «сын» или «потомок»: Стефиенко — буквально «сын Стефия».

Ключевая особенность этой фамилии — необычная основа Стефий. Это неканоническая, разговорная форма имени Степан (греч. Στέφανος — «венок», «венец»). В народной речи имя Степан давало множество уменьшительных вариантов: Стеха, Стеша, Стецько, Стефан, Стефий. Последняя форма — Стефий — редкая, но фиксируется в исторических документах XVII–XVIII веков на территории Гетманщины. Она возникла под влиянием южнославянских и греческих вариантов имени (Стефан), где «ф» сохранялось, в отличие от восточнославянского «п» (Степан).

Таким образом, предок носителя фамилии Стефиенко, скорее всего, был человеком, которого в быту звали Стефием — либо из-за диалектных особенностей речи, либо из-за того, что в его семье имя произносили по церковной традиции (Стефан → Стефий). Фамилия закрепилась как патроним: «чей ты?» — «Стефиенко», то есть из рода Стефия.

Географически фамилия тяготеет к Полтавщине, Черкасщине и югу Сумской области — зонам, где фамилии на -енко массово оформлялись в казацкой среде. В российских переписях XIX века Стефиенко встречается редко, что указывает на её локальный характер и отсутствие широкого расселения за пределы малороссийских губерний. В отличие от массовых Степаненко или Стеценко, Стефиенко — вариант, сохранивший более архаичную и менее распространённую форму имени.