Фамилия Стафиенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала главным способом образования фамилий в Поднепровье и на Слобожанщине. Суффикс -енко в этой традиции означает «сын» или «потомок», то есть Стафиенко — буквально «сын Стафия». А вот с самим корнем всё сложнее и интереснее.

Основа «Стафий» — это, скорее всего, народная, разговорная форма крестильного имени Евстафий. В православных святцах Евстафий значит «устойчивый» или «крепко стоящий» (от греческого eustathes). В украинской среде имя упрощалось: отпадал начальный гласный, и получались формы Остап, Стафей, Стафий. Фамилия Стафиенко, таким образом, ведет род от человека, которого в быту звали Стафием — то есть Евстафием.

Менее вероятная, но всё же возможная версия — связь с польским или белорусским словом «стаф» (штаф), означающим «жезл», «посох». В таком случае прозвище Стафий могли дать человеку высокому, прямому или, напротив, опирающемуся на палку. Однако украинский суффикс -енко в сочетании с редким корнем, не зафиксированным в прозвищной традиции, делает эту гипотезу слабой.

Географически фамилия Стафиенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкасщине, Сумщине. В дореволюционных метрических книгах она встречается преимущественно в казацких и мещанских сословиях. Дворянского статуса эта фамилия, как правило, не имела: её носители были либо казаками, либо крестьянами, либо ремесленниками.

Примечательно, что фамилия Стафиенко не получила широкого распространения и осталась относительно редкой. Это говорит о том, что родоначальник был заметной фигурой в своей местности, но его личное имя не превратилось в массовую фамилию, как, например, Иванов или Петров. Встречаются варианты написания с одной «ф» — Стафиенко, но это скорее результат упрощения при записи в документах, чем отдельная ветвь.