Фамилия Стельцер — довольно редкая для России, и её происхождение напрямую выводит нас за пределы привычного славянского ареала. Это яркий пример фамилии-профессии, корни которой уходят в немецкий язык. В основе лежит слово «Stelzer» — так в Германии называли мастера, изготавливавшего ходули (от «Stelze» — ходуля). Однако в переносном смысле это прозвище могли дать и человеку с характерной походкой, который как бы «ходит на ходулях», или высокому, долговязому парню. Поэтому первый носитель фамилии Стельцер в России был, скорее всего, либо приезжим ремесленником из немецких земель, либо потомком немца, уже обрусевшим, но сохранившим фамильное прозвание.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: в русском языке фамилия сохранила немецкий суффикс деятеля «-ер» (аналог русского «-щик»). Окончание «-цер» вместо ожидаемого «-зер» — это результат адаптации немецкого произношения на русской почве: звук [ц] передаёт немецкое «z». Фамилия не получила типичных русских суффиксов принадлежности (-ов, -ин), что указывает на её относительно позднее закрепление в документах, когда иностранные фамилии уже не переделывали на славянский лад.

Встречается Стельцер в основном на территориях, где исторически были компактные поселения российских немцев: в Поволжье, на юге Украины, в Западной Сибири. Но есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых говорах западных областей России «стельцом» могли называть стрелка из лука (от «стрелец»), но в таком случае фамилия скорее приняла бы форму Стрельцов или Стрелецкий. Вариант Стельцер с твёрдым «ц» и суффиксом «-ер» почти наверняка указывает именно на немецкое заимствование, а не на искажение славянского слова.

Социально фамилия не была дворянской — её носили ремесленники, крестьяне-колонисты, позже мещане. Встречаются и еврейские носители фамилии, но в этом случае происхождение может быть связано с местечком Стельце (ныне Беларусь), от названия которого образована фамилия с тем же окончанием, обозначающим «выходец из». Однако для версии «от названия профессии» лингвистических оснований больше.