Фамилия Стиперенко — одна из тех, чья основа не лежит на поверхности. Она образована по распространённой украинской модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVIII веках массово присоединяли к прозвищам и именам, обозначая потомка или подмастерья («сын такого-то»). В данном случае основа — Стипер, что сразу указывает на прозвище первого носителя.

Корень фамилии, скорее всего, связан с глаголом «стипать» или «степать» — в южнорусских и украинских говорах это означало «стегать, хлестать, бить прутом». Прозвище Стипер могли дать человеку с резким, «колючим» характером, либо тому, кто занимался выделкой прутьев, лозы или даже плёл корзины. Вторая, менее вероятная версия, отсылает к диалектному «стипать» в значении «спешить, торопиться» — так могли прозвать непоседу.

Фамилия редкая и географически привязана к центральным и восточным областям Украины, а также к югу России, куда переселялись украинские крестьяне. В дореволюционных метрических книгах Стиперенко встречаются в Полтавской и Харьковской губерниях. Суффикс -енко однозначно указывает на непривилегированное происхождение: эту фамилию носили казаки, крестьяне и мещане. Дворянской ветви у Стиперенко нет.

Стоит отметить, что фамилия не претерпела изменений при русификации — она сохранила характерное украинское окончание. Встречаются варианты написания с одной «п» (Стиперенко) или с «и» под ударением, но нормативным считается ударение на предпоследний слог: Стипе́ренко.