Фамилия Стогначёва — женская форма, а мужская — Стогначёв. Реже встречается вариант Стогначев (без буквы «ё»). В основе лежит прозвище или мирское имя Стогнач. Слово «стогнач» в древнерусском языке означало «житель стогны» — то есть площади, перекрёстка или центральной улицы города. «Стогна» (или «стогн») — это площадь, место народных собраний, торжище. В «Слове о полку Игореве» читаем: «на стогнах града» — то есть на площадях города. Таким образом, Стогнач — человек, который постоянно бывал на стогне: либо торговец, либо глашатай, либо просто тот, кто жил на главной площади.

Суффикс -ач характерен для прозвищ, образованных от названий мест или занятий (ср. Ткач, Рыбач, Скрипач). Фамилии на -ёв/-ев типичны для центральной России, особенно для бывших владимирских, рязанских, московских земель. Вероятнее всего, предок носителя фамилии Стогначёв — житель города или крупного торгового села, где была площадь. Не исключено, что прозвище закрепилось за человеком, который торговал на площади или выполнял общественные поручения (например, собирал народ на вече).

Встречается и другая, менее вероятная версия: от глагола «стогнать» — стонать, охать. Тогда Стогнач — тот, кто часто стонет, жалуется. Но эта гипотеза слабее, так как глагол не дал устойчивых прозвищ в ономастике, а связь с «площадью» хорошо документирована в древнерусских текстах и топонимике (вспомним название киевской улицы Стогна).

Фамилия редкая, в современных справочниках почти не встречается, что говорит о её локальном происхождении — возможно, из одного села или городка.