Фамилия Столбкова образована от мужской формы Столбков — а та, в свою очередь, от прозвища или нецерковного имени Столбок. Основа — слово «столб», но не в современном бытовом значении (бетонный столб), а в старом, более широком: «столб» на Руси означал и дорожный указатель, и межевой знак, и башню, и даже вид крестьянской повинности. Поэтому прозвище Столбок могло достаться человеку высокому и худому — «столбообразному», или же тому, кто жил у столбовой дороги, либо занимался установкой таких знаков.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: сначала от основы «столб» с помощью уменьшительного суффикса -ок появилось прозвище Столбок. Затем к нему прибавили притяжательный суффикс -ов, чтобы указать на принадлежность: «чей сын?» — Столбков. Женская форма Столбкова — это уже вариант для замужней женщины или дочери, закрепившийся в документах.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов, у Столбковых есть редкая деталь: в некоторых говорах слово «столбок» означало не просто маленький столб, а особый вид деревянной опоры в избе или воротах. Вятские и пермские диалекты сохранили это значение. Так что предки Столбкова могли быть не просто «людьми высокого роста», а плотниками или строителями, делавшими такие опоры.

Встречается фамилия в основном в центральных и северных областях России — в Костромской, Вологодской, Нижегородской губерниях. Встречается и вариант Столбиков, но он образован уже от «столбик» — той же основы, но с другим суффиксом. Столбковы — без этого промежуточного суффикса — тоже существуют, но это более редкая ветвь.