Фамилия Столбовенко — редкий случай, когда географический разброс и словообразовательная модель вступают в противоречие. На слух она кажется типично украинской: суффикс -енко, распространённый в центральных и левобережных регионах Украины, образует фамилии от имени или прозвища отца. Но основа «Столбов-» явно великорусская, а не украинская. В украинском языке слово «стовп» (столб) дало бы фамилии вроде Стовпченко или Стовпенко. Здесь же корень с полногласием -оло-, что характерно для северных и восточных говоров. Поэтому первая и самая правдоподобная версия: фамилия возникла на пограничье, в зоне смешения русского и украинского населения — на Слобожанщине (современные Харьковская, Сумская области) или на юге России, в бывших казачьих областях. Носителей могли записать по русскому прозвищу, а фамилию оформили по местной, украинской модели.

Прозвище Столб, от которого пошла фамилия, могло относиться к разным людям. Самый прямой смысл — высокий, прямой, неподвижный человек, «стоит как столб». В диалектах «столбом» называли также упрямца или нелюдимого человека. Менее очевидный вариант: прозвище могли дать по роду занятий — тому, кто ставил столбы, работал с деревянными опорами (строитель, плотник) или, в северных говорах, занимался сплавом леса (столбы — часть плота). Встречается и версия, что в основе лежит не прозвище, а название населённого пункта — Столбово, Столбовая. Таких топонимов в России десятки, и житель, переселившийся из такого места, мог получить фамилию Столбовенко (то есть «выходец из Столбова»). Эта версия слабее: для переселенцев типичнее фамилии на -ский (Столбовский), а -енко обычно указывает на отчество.

В отличие от массовых фамилий вроде Столбов или Столбовой, Столбовенко встречается редко. Это говорит о том, что родоначальник был одним из немногих, кого выделили таким прозвищем, или фамилия закрепилась в локальной общине и не распространилась широко. Суффикс -енко в данном случае не столько «сын Столба», сколько «потомок того, кого звали Столб». Фамилия не дворянская и не купеческая — её носителями, скорее всего, были крестьяне или казаки, а окончательное закрепление произошло после отмены крепостного права в XIX веке, когда фамилии давали или уточняли массово.