Фамилия Столкова — женская форма фамилии Столков, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именованием Столок. В основе лежит древнерусское слово «столк» — так в некоторых говорах называли столб, кол, а также невысокого, коренастого человека. Прозвище Столок могли дать либо по внешнему сходству — крепкому, приземистому сложению, либо по роду занятий: мастер, работавший со столбами (строитель, плотник), или человек, ставивший межевые знаки.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов присоединялся к основе Столк-, давая фамилию Столков, а от неё уже образовалась женская форма Столкова. Важно заметить, что фамилия могла закрепиться и без промежуточного этапа: в документах XVII–XVIII веков нередко фиксировали сразу женскую форму по мужу или отцу. Например, в переписных книгах встречаются записи вроде «вдова Столкова» — так фамилия передавалась детям, даже если мужчина в семье уже не значился.

С точки зрения географии, фамилия Столкова тяготеет к северным и центральным регионам России. В частности, она встречается в старых писцовых книгах Новгородской и Вологодской губерний, где слово «столок» в значении «столб» было в ходу. В южных говорах эта лексема почти не употреблялась, поэтому южнорусских носителей фамилии ожидаемо меньше.

Спорных версий у фамилии немного. Некоторые этимологи допускают связь с глаголом «столкать» (сталкивать), но это маловероятно: прозвища от глаголов в такой форме почти не образовывались. Куда правдоподобнее, что Столок — это вариант прозвища Столб, только с местным произносительным смягчением конечного согласного. В ономастическом словаре Б. Унбегауна фамилия не выделена отдельно, но её однокоренные аналоги (Столбов, Столбихин) подтверждают именно «столбовую» семантику.

Таким образом, Столкова — фамилия с прозрачной, хоть и узкорегиональной, основой. Её носители, скорее всего, потомки людей, которых в XVI–XVII веках в северных русских землях прозвали Столками за крепкое телосложение или за работу с деревянными столбами.