Фамилия Стольникус звучит необычно для русского уха, но её происхождение почти наверняка связано с Россией, а точнее — с церковной или учебной средой XVIII–XIX веков. Перед нами классическая «семинарская» фамилия, то есть искусственно созданная в духовных училищах и академиях. Суффикс -ус — верный признак латинизации: в семинариях будущим священникам давали фамилии, переделывая русские слова на латинский манер, чтобы они звучали «учёно». Так из прозвища или профессии рождались Бенедиктовы, Сперанские, Кустодиевы и наш Стольникус.

Основа здесь — «стольник». В Древней Руси стольник — это придворный чин, слуга, прислуживавший за княжеским или царским столом. Позже, в XVI–XVII веках, стольники стали важной прослойкой московского дворянства, из них назначали воевод, послов и судей. Однако фамилия Стольникус вряд ли указывает на боярское происхождение. В сословном обществе дворяне редко получали искусственные латинизированные фамилии — это удел духовенства. Скорее всего, предок носителя этой фамилии либо служил при трапезе (был стольником в прямом смысле — подавал блюда), либо получил прозвище «Стольник» за любовь к сытной еде, а его сын, учась в семинарии, оформил это прозвище в благозвучную «учёную» фамилию.

Интересно, что фамилия Стольникус могла быть дана в честь церковного титула протодиакона, которого в просторечии называли «стольником» за место у престола. Но эта версия менее распространена. Главное — географически такие фамилии встречаются в основном в центральных губерниях России и на Украине, где были сильны духовные школы. Встретить Стольникуса в крестьянской среде почти невозможно: это книжная, интеллигентская, поповская фамилия.

Сравните с однокоренными: Стольников — более распространённый и прямой вариант, без латинской приставки, а Стольникус — его редкий, «учёный» двойник. Если ваш предок носил её, он почти наверняка был либо священником, либо учителем, либо выпускником духовной академии. Фамилия не древняя, а кабинетная, появившаяся не раньше середины XVIII века.