Фамилия Столпеченков — редкий случай, когда разбор упирается не в прозвище или имя, а в топографический объект. Основа здесь — «столпец», уменьшительное от «столб». Но не простой столб, а, скорее всего, межевой или дорожный указатель. В русских говорах «столпец» — это не только маленький столб, но и пограничный знак, веха, а иногда и придорожный памятник-часовня. Человек, живший у такого столпа или отвечавший за его установку, мог получить прозвище Столпец.

Суффикс -енков указывает на западнорусское или украинское происхождение. Это патронимическая модель, характерная для Смоленщины, Брянщины, Черниговщины: Столпеченко — сын Столпца, а Столпеченков — уже русифицированная форма, когда к украинской основе добавили русский суффикс -ов. Фактически фамилия прошла двойную обработку: сначала уменьшительное от «столб», потом отчество через -енко, затем адаптация под русскую фамильную норму.

Есть и вторая, менее вероятная версия: от слова «столпец» в значении «столпник» — человек, ведущий аскетический образ жизни на столпе (в христианской традиции). Но это маловероятно для крестьянской фамилии: прозвище Столпник скорее дали бы монаху, а не землепашцу. К тому же форма «Столпеченков» слишком бытовая для книжного прозвища.

Географически фамилия привязана к юго-западу России. В дореволюционных переписях носители встречаются в основном в Смоленской и Калужской губерниях, что подтверждает связь с западнорусской моделью на -енков. В северных и центральных регионах фамилия почти не фиксируется.

Однокоренные фамилии — Столбов, Столбовой, Столпников — показывают разницу в суффиксах: Столбов прямо указывает на владельца столба, Столбовой — на живущего у столба, а Столпеченков — на потомка человека, которого так прозвали. Сословно фамилия крестьянская, без дворянских ветвей. В списках однодворцев и государственных крестьян она встречается чаще, чем у помещичьих.