Фамилия Стоценя — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не ремесло, а, скорее всего, прозвище, связанное с оценкой или ценой. Если разложить её на части, бросается в глаза глагольный корень «сто-» (от «стоить») и суффикс «-ен(я)», характерный для украинских и белорусских фамилий. Такой суффикс часто придаёт слову оттенок действия или свойства: «Стоценя» могло означать человека, который «стоит цену» — то есть дорогого, ценного работника, мастера, за которого не жалко заплатить. Однако есть и другая, более бытовая версия: так могли прозвать прижимистого, расчётливого человека, который знает цену каждой копейке. В диалектах встречается слово «стоцённый» в значении «оценённый», «имеющий цену», что подтверждает связь с торговлей или ремеслом.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским землям, особенно к современной Беларуси и Украине. Суффикс «-еня» типичен для полесских и волынских говоров, где фамилии часто образуются от глагольных основ (сравните: «Тягнирядно», «Недайвода»). В России Стоценя встречается крайне редко, в основном в результате миграций XIX–XX веков. По сословной принадлежности предки, скорее всего, были крестьянами или мещанами — прозвища такого типа давали в среде, где личные качества человека напрямую связывали с его трудом.

В отличие от фамилий на «-ов» или «-ин», которые указывают на принадлежность отцу, Стоценя — это прозвищная фамилия в чистом виде, без дополнительного патронимического суффикса. Она не склоняется по правилам русской грамматики (как и многие украинские фамилии на -а): «я встретил Стоценю», «поговорил со Стоценей». Такая форма — дополнительный намёк на то, что фамилия закрепилась в устной речи ещё до того, как её записали в официальные документы. Если ваш предок носил эту фамилию, он, скорее всего, был человеком, чья цена определялась не происхождением, а делом.