Фамилия Стовбчатая — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а форма предмета. Она образована от слова «стовб» — так в юго-западных говорах (украинском, белорусском, а также в смоленских и брянских диалектах) называли столб. Суффикс -чат- указывает на признак: «стовбчатый» — значит похожий на столб, имеющий форму столба. В русском языке этот суффикс встречается в прилагательных вроде «бревенчатый» или «сводчатый», но в фамилиях он исключительно редок.

Скорее всего, фамилия имеет не прозвищное, а топонимическое происхождение. В XIX веке в Малороссии и на юге России существовали хутора и сёла с названием Стовбчатое или Стовбчатая (например, в Черниговской губернии). Жительницу такого села могли записать как Стовбчатую — по месту жительства, без переносного смысла. Мужской вариант фамилии — Стовбчатый, но в женской форме она закрепилась, если речь шла о женщине или вдове.

Вторая версия, более прозрачная, — прозвище по внешности. Высокого, худого и прямого человека в народе могли называть Стовбчатым, то есть «столбообразным». Такие прозвища давали без злого умысла, просто как меткую характеристику. Однако у фамилии нет суффикса принадлежности (-ов, -ин), который обычно закреплялся за прозвищами, поэтому версия с селом выглядит надёжнее.

Фамилия не дворянская и не купеческая — её носителями были крестьяне и однодворцы южных губерний. Встречается она и сегодня, но крайне редко: по открытым данным, в России живёт не больше нескольких десятков человек с такой фамилией. В написании возможны варианты — Стовбчатый, Стовбчатов, но форма Стовбчатая указывает на женский род и, вероятно, на происхождение из мест, где фамилии давали по названию усадьбы или хутора.