Фамилия Стоянкина образована от мужской формы Стоянкин, а та — от прозвища или нецерковного имени Стоянка. В русской ономастике суффикс -к- часто служил для образования уменьшительных или обиходных форм от полных имен, прозвищ или названий занятий. В данном случае основа «Стоян» восходит к глаголу «стоять», но не в бытовом, а в переносном смысле: так могли назвать человека устойчивого, постоянного, верного своему слову, либо того, кто занимал сторожевую должность — «стоял на посту».

Модель фамилии на -ин типична для центральной России и Поволжья: она указывает на принадлежность «сын Стоянки» или «из дома Стоянки». Встречаются однокоренные фамилии Стоянов, Стоян, Стоянович, но Стоянкин — более редкая по суффиксу форма. Если Стоянов чаще встречается у болгар и сербов, то Стоянкин — исконно русская фамилия, образованная по той же модели, что и Петькин, Ванькин или Сенькин.

В некоторых говорах «стоянка» означала не только место остановки, но и меру длины или времени, а также — в диалектах севера — небольшой сенокосный участок. Не исключено, что прозвище Стоянка мог получить владелец такого участка или человек, живший на отшибе, на постоянном месте. Однако самая вероятная версия — от личного имени Стоян, которое на Руси давали как охранительное: считалось, что имя «закрепит» ребенка в жизни, сделает его крепким и стойким.

Фамилия не относится к дворянским, скорее к крестьянским или мещанским. В архивных записях XIX века Стоянкины встречаются в Тверской, Ярославской и Костромской губерниях. Ударение, судя по произносительной норме, падает на второй слог: Стоя́нкина.