Фамилия Стоюнина — женская форма фамилии Стоюнин, и её разбор стоит начать с мужского варианта. В основе лежит глагол «стоять» в его древнерусском или диалектном звучании. Скорее всего, прозвище Стоюн давали человеку с устойчивым, непоколебимым характером или тому, кто постоянно находился на одном месте, например, сторожу или караульному. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Стоюнин, то есть потомок Стоюна. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ с суффиксом -ун (как Говорун, Молчун).

В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев, суффикс -ин встречается реже, но он характерен для центральных и северных регионов России. Если бы прозвище звучало как Стоян (от южнославянского «стоять»), фамилия была бы Стоянов. Стоюнин же — форма более архаичная, с чередованием корня, что может указывать на древность прозвища. Известный носитель фамилии — Владимир Яковлевич Стоюнин (1826–1888), русский педагог и публицист, что косвенно подтверждает: фамилия бытовала в среде образованного дворянства и разночинцев.

Географически фамилия Стоюнина встречается нечасто, но прослеживается в документах XIX века по Вологодской и Костромской губерниям. Там слово «стоюн» могло означать не только «упрямца», но и «постояльца» или «жильца» — человека, который «стоит» на постое. Таким образом, предок мог быть либо стойким по характеру, либо связан с постоялым двором. Спорных версий нет: корень очевиден, а суффикс не оставляет сомнений в происхождении от прозвища.