Фамилия Стоюнин — один из тех случаев, когда внешне простая основа таит в себе неожиданный поворот. На первый взгляд, корень «сто-» намекает на числительное «сто», но на самом деле всё интереснее.

Словообразовательная модель здесь классическая: суффикс -ин указывает на принадлежность. Такие фамилии обычно образовывали от личных имён, прозвищ или названий профессий, оканчивающихся на -а/-я. Основа «Стоюн» — это, скорее всего, вариант личного имени Стоян (Станой, Стан). В старину имя Стоян было широко распространено у южных славян (болгар, сербов) и означало «стойкий», «крепкий», «устойчивый». На русской почве оно могло трансформироваться в уменьшительную форму Стоюня, от которой и пошла фамилия.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В русских говорах слово «стоюн» могло означать человека, который долго стоит на одном месте — например, сторожа, часового или просто медлительного, неповоротливого человека. В таком случае прозвище Стоюн давали по характеру или роду занятий. Однако эта гипотеза слабее: фамилия Стоюнин встречается в документах с XVII века, и её носители часто были людьми служилыми или посадскими, что больше вяжется с именной версией.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России. В переписных книгах XVII–XVIII веков Стоюнины отмечены в Арзамасском, Костромском и Вологодском уездах. Это были преимущественно крестьяне и мелкие служилые люди (стрельцы, пушкари). Позже, в XIX веке, фамилия получила известность благодаря педагогу и литератору Владимиру Яковлевичу Стоюнину (1826–1888), который был директором гимназии и автором учебников по русской словесности. Его фамилия, вопреки распространённому мнению, не имеет отношения к числу «сто» — это типичная отыменная фамилия, где корень восходит к славянскому имени Стоян.