Фамилия Стубарев — пример того, как прозвище, связанное с внешностью или характером, закрепилось в родовом имени. В её основе лежит слово «стубарь» — так в русских говорах называли человека с большими, оттопыренными ушами, а иногда и просто того, кто плохо слышит. Корень «стуб-» восходит к диалектному глаголу «стубать» (торчать, топорщиться), который встречается в псковских и тверских говорах. Таким образом, прозвище Стубарь мог получить человек с заметной особенностью слуха или ушных раковин, причём без резко отрицательного оттенка — скорее как бытовую примету.

Суффикс -ев указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ, оканчивающихся на мягкий согласный или -ь. Сначала появилось отчество «Стубарев сын», а затем оно закрепилось как фамилия. В отличие от более распространённых фамилий на -ов, форма на -ев встречается реже, что делает Стубаревых немногочисленной, но устойчивой группой. В документах XVII–XVIII веков подобные прозвища фиксировались в основном среди крестьян и посадских людей северо-западных земель России, особенно в Новгородской и Псковской губерниях.

Интересно, что фамилия не имеет церковного или книжного происхождения — она целиком бытовая. Никакой связи с иностранными языками или редкими ремёслами здесь нет. Это чисто русское прозвище, которое в устной речи могло звучать как Стубаров (с твёрдым -р), но в письменных источниках закрепился вариант с мягким знаком. Сегодня фамилия встречается эпизодически, в основном на северо-западе России, и не образует крупных родовых гнёзд.