Фамилия Стуконогова — женская форма фамилии Стуконогов, и её происхождение напрямую связано с прозвищем, которое дали человеку с характерной походкой или особенностью ног. Основа здесь — глагол «стукать» (стучать) и существительное «нога». Прозвище Стуконог могли дать тому, кто при ходьбе громко стучал каблуками, шаркал или, возможно, хромал, задевая ногой о ногу. Такие «звуковые» прозвища были распространены в русской деревне: они метко описывали внешний признак или манеру поведения, которые бросались в глаза окружающим.

Модель образования фамилии типична для русского севера и некоторых центральных областей. Суффикс -ов- указывает на принадлежность: Стуконогов — это сын или потомок человека по прозвищу Стуконог. В отличие от фамилий на -ин (которые чаще образовывали от основ на -а/-я), формант -ов здесь присоединился к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный. Интересно, что фамилия встречается в основном в двух регионах: в Вологодской области (там вообще много «говорящих» прозвищных фамилий) и на Урале, куда переселенцы с севера принесли свой говор и обычаи.

В говорах русского севера слово «стуконогий» могло означать не только стучащего ногами, но и человека с кривыми или непослушными ногами — например, того, кто «стукается» коленями при ходьбе. В ономастическом словаре В. А. Никонова эта фамилия не упоминается, но её однокоренные аналоги (Стуколин, Стукалов) хорошо известны в архангельских и вологодских писцовых книгах XVII века. Таким образом, фамилия Стуконогова — не книжная и не дворянская, а крестьянская, прозвищная, возникшая в среде, где внешние приметы человека служили главным способом идентификации.

Если сравнивать с похожими фамилиями, то Стуконогов стоит в одном ряду с Косоноговым, Кривоноговым, Сухоноговым — все они описывают форму или манеру движения ног. Но «стук» добавляет звуковую характеристику, что реже встречается в русских фамилиях.