Фамилия Стуконоженко — характерный пример украинской фамилии, образованной по модели, которая сразу выдаёт её южное происхождение. Суффикс -енко (в украинской традиции — патронимический, означающий «сын» или «потомок») указывает на то, что прозвище, лёгшее в основу, закрепилось за родоначальником в XVI–XVII веках, когда эта модель стала массовой на землях Гетманщины и Слобожанщины.

Самая правдоподобная версия происхождения основы — от прозвища Стуконог. В украинских говорах «стуконіг» могли называть человека с тяжёлой, громкой походкой, который «стукає ногами» (стучит ногами). Это бытовая, но ёмкая характеристика: либо от природной неуклюжести, либо от привычки ходить в грубой обуви. Менее вероятно, но не исключено, что прозвище связано с каким-то ремеслом — например, с работой, где нужно было «стукати» по ноге (у кузнецов, сапожников или плотников). Форма Стуконоженко — результат адаптации: основа «Стуконог» получила типичный украинский суффикс, а затем, при попадании в русскоязычную среду, «г» закономерно перешло в «ж» перед гласной (явление, знакомое по парам «друг — друженко»).

География фамилии сегодня преимущественно украинская и южнорусская: наибольшая концентрация носителей фиксируется в Харьковской, Днепропетровской и Запорожской областях, а также в Ростовской области РФ. Это косвенно подтверждает связь с казачьей средой — именно там патронимы на -енко были основным способом фамилиеобразования у простых казаков и крестьян.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на принадлежность помещику, Стуконоженко — «народная» фамилия, возникшая в среде свободного или малоземельного населения. Она не дворянская, не купеческая, а прозвищно-бытовая, что делает её типичным образцом украинской антропонимии XVII–XVIII веков. Других версий — от тюркского «стук» (холод) или от имени Стукон — в серьёзных ономастических источниках нет, это домыслы, не подтверждённые ни фонетикой, ни историей бытования.