Фамилия Стукун — звонкая, почти звукоподражательная. Её основа — глагол «стукать» или «стукнуть». В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ин, образованных от имени или профессии отца, Стукун — это личное прозвище, застывшее в именительном падеже без дополнительных суффиксов. Такая модель типична для украинских, белорусских и южнорусских фамилий: она прямо называла человека по характерному действию или качеству.

Что могло означать прозвище Стукун? Самая вероятная версия — прозвище по ремеслу или занятию. Стукуном на Руси называли плотника, столяра или бондаря — любого, кто работал с деревом и постоянно издавал стук. В некоторых говорах так могли прозвать мельника (стук жерновов) или кузнеца. Вторая, бытовая версия — прозвище дали человеку с тяжёлой походкой, который громко стучал сапогами. Третья, менее очевидная: в диалектах «стукуном» иногда называли стукача, доносчика, но это значение, скорее всего, вторичное и более позднее.

Фамилия редкая и не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов. Она бытует в нескольких очагах: на Украине (особенно в Черниговской и Сумской областях), в Беларуси и на юге России — в Ростовской области и Краснодарском крае. География подсказывает, что корни фамилии — западнорусские или малороссийские, где прозвищные фамилии на -ун были особенно популярны (ср. Болтун, Молчун, Говорун).

Родственные фамилии — Стукалов, Стукачёв, Стуков — образованы по другой модели (с суффиксами принадлежности). Стукун стоит особняком: она сохранила первоначальную форму прозвища, а значит, предок носителя получил её не от отца, а от окружающих — соседей или односельчан, которые запомнили его по характерному стуку.