Фамилия Стукушин образована по модели, характерной для русских фамилий на -ин: от основы, оканчивающейся на согласный, добавляется суффикс принадлежности. В данном случае основа — Стукуш, а суффикс -ин указывает на то, что родоначальник был «сыном Стукуша» или «человеком из семьи Стукуша». Это типичная патронимическая (по отцу) или прозвищная модель, где прозвище становилось фамилией детей.

Корень слова — стук- (от глагола «стучать», «стук»). Форма Стукуш в русских говорах могла быть вариантом имени или прозвища Стук, Стукач, Стукотун. Прозвища от звукоподражаний (стук, грохот, звон) давали людям с громким голосом, тяжёлой походкой или тем, кто работал с шумом — например, плотникам, кузнецам, мельникам. В ономастике есть фамилии Стук, Стуков, Стукалов, и Стукушин стоит в том же ряду, но с редким суффиксом -уш-, который часто встречается в северных и сибирских говорах (ср. Крикуша, Вертуша). То есть Стукуш — это человек, который «стучит» или «стукает», возможно, с оттенком частого или назойливого действия.

Версия о происхождении от крестильного имени маловероятна: в святцах нет имени, близкого к «Стукуш». Зато прозвищная основа надёжна. Словарь Б. Унбегауна подтверждает, что фамилии на -ин от прозвищ с суффиксом -уша (-уха) — обычное явление в русской антропонимии XVI–XVII веков. Географически фамилия Стукушин встречается преимущественно в центральных и южных регионах России (Тамбовская, Воронежская области), что указывает на её позднее закрепление в крестьянской среде после отмены крепостного права, когда бывшие крепостные получали фамилии по прозвищам.

Таким образом, предок носителя фамилии Стукушин, скорее всего, был человеком, которого в деревне прозвали Стукуш за шумное поведение, работу с молотком или за то, что он постоянно «стукал» — например, стучал в ворота или по столу. Никакого отношения к знатному роду или иностранным корням фамилия не имеет, и это нормально: большинство русских фамилий родилось из бытовых прозвищ.