Фамилия Стуковинов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с конкретным предметом быта. Корень здесь — «стук», а суффикс «-овин» указывает на принадлежность к чему-то или на происхождение от прозвища, образованного с помощью характерного для северных и центральных говоров суффикса «-овин(а)». Слово «стуковина» в диалектах означало не просто стук, а нечто, издающее стук, или же результат удара — например, вмятина, выпуклость, шишка на дереве или металле. В пермских и вятских говорах «стуковина» — это колотушка, деревянный молоток, которым стучали, привлекая внимание или подавая сигнал.

Таким образом, Стуковинов — это «сын Стуковины», то есть потомок человека, которого прозвали Стуковина. Прозвище могло закрепиться за мастером, делавшим колотушки, за человеком с громким, отрывистым голосом или за тем, кто постоянно чем-то стучал — плотником, бондарем, кузнецом. Вполне вероятно, что прозвище дали шумному, непоседливому ребёнку или взрослому, который любил хлопать дверьми и греметь посудой. Менее вероятно, но возможно, что прозвище относилось к человеку с физическим недостатком — например, с хромотой, при которой шаг сопровождался стуком.

Словообразовательная модель с суффиксом «-овин» редка для русских фамилий: она встречается в основном у фамилий, образованных от прозвищ с тем же суффиксом (сравните: Кожевников — от кожевник, но здесь иная модель; ближе по типу фамилии вроде Боровиков, где основа — «боровик», а не «бор»). В фамилии Стуковинов основа — «стуковин(а)», а не «стук», что делает её уникальной: однокоренные фамилии (Стуков, Стукалов, Стуклов) образуются проще, без этого промежуточного суффикса.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку европейской части России. В переписях XIX века Стуковиновы встречаются в Вятской губернии (современная Кировская область) и в Пермской губернии — регионах, где диалектное слово «стуковина» было в ходу. Сословно носители фамилии — скорее всего, государственные крестьяне или мастеровые, работавшие на заводах Урала. Дворянских родов с такой фамилией нет. В писцовых книгах XVII века фамилия не фиксируется, что указывает на её позднее оформление — скорее всего, в XVIII веке, когда крестьянам начали массово давать фамилии по прозвищам.