Фамилия Стукушина — женская форма, мужской вариант — Стукушин. В основе фамилии лежит прозвище, и тут открывается простор для нескольких версий, ни одна из которых не выглядит натянутой.

Самое прямое объяснение — от глагола «стучать». Прозвище Стукуша могли дать человеку, который работал с молотком: плотнику, кузнецу, бочару или каменотёсу. В русских говорах «стукуша» — это ещё и колотушка, которой стучат в ворота или деревянный барабан (например, ночной сторож). В этом случае фамилия указывает на профессию или род занятия предка.

Вторая версия — звукоподражательная. Стукушей могли прозвать болтливого человека, который «стучит языком», то есть любит посплетничать или говорить без умолку. В диалектах встречается слово «стукотня» в значении «пустые разговоры». Такое прозвище необязательно было обидным — в крестьянской среде его могли дать просто за характерную манеру речи.

Третий, менее вероятный вариант — от тюркского имени или прозвища. Но для этого нет убедительных исторических свидетельств, а слово «стук» и его производные — исконно славянские, поэтому версия с русским корнем предпочтительнее.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Стукушин — сын или потомок Стукуши. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская — её носители жили в среде, где прозвища давали по работе или внешним приметам.

Встречаемость фамилии сегодня невысокая, что говорит о её локальном происхождении. Скорее всего, она возникла в одной из губерний — возможно, в Вологодской или Костромской, где сохранились говоры с уменьшительно-ласкательным суффиксом -уш- (стукуша, а не стучалка).