Фамилия Субобаева нечасто встречается, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы разобраться, стоит отбросить суффикс -ев (вариант -ов после мягкой основы) и посмотреть на корень. В основе лежит, скорее всего, слово «субоба» или близкое к нему прозвище. В русских говорах и в ономастике есть версия, что это диалектное прозвище, образованное от глагола «субобить» или «субобеть» — в некоторых регионах так говорили о человеке, который суетится, хлопочет без толку, или о том, кто выглядит угрюмым, насупленным. Возможна и связь с тюркскими языками, где корень «су» (вода) и «боб» (бобовое растение) могли дать прозвище по месту жительства у воды или по занятию, но это менее вероятно, так как фамилия закрепилась именно в русской среде.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище + суффикс притяжательности -ев. Первоначально это было отчество или прозвание главы семьи — «сын Субобы» или «внук Субобы». Суффикс -ев указывает на то, что в основе лежало слово с мягким или шипящим окончанием, что подтверждает версию о прозвище, а не об имени.

Географически фамилия Субобаева редка, но её следы можно найти в Поволжье и на Урале — регионах, где активно смешивались русские и финно-угорские говоры, а также сохранялась архаичная лексика. В этих местах слово «субоба» могло бытовать как местное прозвище для неспокойного или хмурого человека. Встречаются также варианты написания с одной «б» — Субобаев, что говорит о неустоявшейся орфографии в метрических книгах XIX века.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Субботин, Суббочев — показывает, что корень «суб-» в русском языке часто связан с субботой (через церковнославянское «суббота»), но в случае Субобаева это маловероятно. Субботин — фамилия от имени Суббота, а Субобаев — от прозвища с другим суффиксом и значением. То есть перед нами не календарное имя, а бытовое прозвание, которое могло закрепиться за одним родом в конкретной деревне.

Таким образом, предки носителей фамилии Субобаева — скорее всего, крестьяне из центральной России или Поволжья, получившие прозвище за характер или поведение. Фамилия не дворянская и не купеческая — её носители входили в податные сословия, что подтверждается отсутствием в родословных книгах.