Фамилия Субуханова образована от мужского имени Субухан, которое, в свою очередь, восходит к тюркскому составному имени. Первая часть — «су» — в тюркских языках означает «вода» или «войско» (в разных диалектах), вторая — «бухан» или «хан» — титул правителя или имя, связанное с буддийским понятием «бухан» (Будда, владыка). Таким образом, имя могло означать либо «водный хан» (возможно, как прозвище для человека, связанного с рекой или озером), либо «воин-хан». Встречается мнение, что имя связано с кавказско-тюркским этносом — например, у кумыков или ногайцев, где сложные имена с компонентом «хан» были распространены.

Суффикс «-ов» указывает на русскую патронимическую модель: фамилия буквально значит «принадлежащий Субухану». Женская форма Субуханова говорит о том, что носительница — потомок (дочь или жена) человека по имени Субухан. В русской традиции фамилии на «-ов» закрепились в XVI–XVII веках, в первую очередь у служилых людей и крестьян, но для тюркских фамилий этот процесс часто происходил позже, при переходе в православие или при записи в ревизские сказки.

Географически фамилия редкая, встречается преимущественно в регионах с тюркским населением: в Дагестане, Чечне, в Поволжье (Татарстан, Башкортостан), а также среди казахских и киргизских родов. В русских архивных записях XIX века Субухановы фиксировались как крестьяне или мещане, но из-за редкости фамилии точная сословная картина размыта. Интересно, что в некоторых тюркских языках слово «субухан» может быть искажённым произношением арабского «субхан» (святой, чистый) — это могло дать вторую, религиозную версию происхождения, но она менее вероятна, так как фонетически форма «Субухан» типична именно для тюркских имён, а не для арабских заимствований.

Однокоренные фамилии — Субуханов, Субухан, Субуханян (армянская адаптация) — встречаются редко, что делает Субуханову уникальной: в России, по данным переписей, её носят не более нескольких сотен человек. Основная версия остаётся тюркской, с ударением на последний слог (Субуханóва), что характерно для фамилий этого типа.