Фамилия Судоненко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках закрепилась в Левобережной Украине и позже распространилась на южные и центральные области Российской империи. Суффикс -енко в украинской ономастике традиционно обозначал «сына» или «потомка»: Судоненко — буквально «сын Судони» или «маленький Судоня».

Основа фамилии — прозвище или неканоническое имя Судоня. Его корень — «суд», что сразу указывает на связь с судебным делом, правосудием или оценкой. Судоней могли прозвать человека, так или иначе причастного к суду: судью, писаря, истца, а возможно, и того, кто любил судить и рядить, выносить вердикты по любому поводу. В украинской среде прозвища с корнем «суд» встречались нередко, и они могли закрепляться за родом, если предок действительно служил в суде или обладал соответствующим складом характера.

Менее вероятна, но допустима версия, что Судоня — это уменьшительная форма от церковного имени Суд, которое могло возникнуть как народная переработка греческого имени Созонт (от «созо» — спасать) или других редких календарных имен. Однако прямых свидетельств бытования имени Суд в православных святцах нет, так что прозвищное происхождение выглядит убедительнее.

Географически фамилия Судоненко тяготеет к Полтавщине и Черкасчине — регионам, где фамилии на -енко особенно типичны. Встречаются и варианты написания: Судоненко, Судоненко, а также однокоренные фамилии Судонин, Судоня, Судон. Все они восходят к той же основе, но с разными суффиксами, указывающими на разные региональные традиции образования фамилий.

Сословно носители фамилии Судоненко в основном происходили из казацкой старшины или крестьян, но без привязки к дворянству. Судя по распространению, это фамилия, возникшая в среде свободного сельского населения Гетманщины, где прозвище могло закрепиться за целым родом и передаваться по мужской линии без изменений.