Фамилия Сухунов образована от прозвища или мирского имени Сухун. В её основе лежит прилагательное «сухой», которое в русских говорах имело множество переносных значений. Сухим могли назвать человека худощавого, высокого и сутулого, либо того, кто отличался сдержанностью, неэмоциональностью — «сухого» в общении. В северных и сибирских диалектах «сухун» — это ещё и название небольшого ручья, пересыхающего летом, так что прозвище могло достаться человеку, жившему у такого водоёма.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединился к основе Сухун. Такая форма указывает на принадлежность: «чей?» — Сухунов, то есть сын или потомок Сухуна. В отличие от фамилий с суффиксом -ин (от основ на -а/-я), здесь сработала модель от основ на твёрдый согласный.

Интересно, что в русской ономастике существует целое гнездо фамилий от корня «сух»: Сухов, Суханов, Сухоруков, Сухоносов. Сухунов стоит в этом ряду особняком — он менее частотен и, скорее всего, имеет узкорегиональное происхождение. По данным исторических источников, фамилия встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает связь с диалектным словом «сухун» (пересыхающий ручей): в этих местах много малых рек и речушек, дававших прозвища местным жителям.

Сословная принадлежность первых Сухуновых, скорее всего, крестьянская или посадская. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано, хотя отдельные представители могли выбиваться в купечество или мещанство. Фамилия не редкая, но и не массовая — носителей насчитывается несколько тысяч, в основном в России.