Фамилия Суксан — редкая и неочевидная для русского уха. Если отбросить попытки подогнать её под знакомые модели, остаётся всего одна правдоподобная версия, и она лежит на поверхности: это искажённое или диалектное произношение слова «суксун».

В основе лежит топоним Суксун — посёлок в Пермском крае, известный с XVII века. Название происходит от коми-пермяцкого «сук» — «густой, частый» и «сун» — «река». То есть Суксун — «густая река» (с густыми зарослями по берегам). Фамилию Суксан, скорее всего, получил человек, пришедший с этой реки или из одноимённого села. В русской среде нерусские названия нередко упрощались: «Суксун» через акающее произношение превращалось в «Суксан», а фамилия закреплялась в этой огласовке.

Суффикс -ан в русских фамилиях редок и обычно указывает на нерусское происхождение основы. В данном случае это не суффикс, а часть топонима. Модель образования — бессуффиксная, по типу «от названия места»: как Тамбов → Тамбовцев, но здесь окончание основы осталось без изменений. Встречается также вариант Суксунов — с добавлением типичного русского суффикса -ов, что подтверждает связь с топонимом.

Другие версии — от тюркского «су» (вода) + «ксан» (какой-то компонент) — не выдерживают критики: в тюркских языках нет слова «ксан», а попытки разбить фамилию на «сук» (сучок) и «сан» (сан) выглядят натяжкой. Фамилия Суксан практически не встречается за пределами Пермского края и соседних областей, что дополнительно указывает на её локальный, географический корень.