Фамилия Султайкина — женская форма фамилии Султайкин. Её основа, скорее всего, тюркского происхождения, что неудивительно для русских фамилий, сформировавшихся в Поволжье и Приуралье. В основе лежит личное имя Султай — это диалектный или сокращённый вариант арабского имени Султан (от араб. «властитель», «правитель»). В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, часто отбрасывали конечный -ан, превращая Султан в Султай, что и дало прозвище или нецерковное имя.

Модель образования типична для восточнорусского ареала: к основе на -ай добавили суффикс -кин, который в этом случае выполняет ту же роль, что и более распространённый -ин. Суффикс -кин появляется, если основа оканчивается на -а или -я: Султай → Султайкин. Притяжательное значение «чей?» — «сын Султая» или «человек из рода Султая». Встречается и вариант написания с буквой «о» — Солтайкин, но он гораздо реже и фиксируется в основном в документах XIX века, когда безударное «а» могли записывать на слух.

Географически фамилия тяготеет к территориям бывшего Казанского ханства и Урала. Больше всего носителей фамилии Султайкин (и Султайкина) встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Это указывает на то, что предки носителей фамилии, скорее всего, были татарами, башкирами или мишарями, принявшими православие, либо русскими, жившими в тесном соседстве с тюркским населением и перенявшими местные имена.

Версия о происхождении от прозвища, связанного с тюркским словом «султа» (ленивый, нерадивый), менее вероятна. Слово «султа» в таком значении встречается в диалектах редко, а имя Султан (и его форма Султай) было широко распространено, что делает антропонимическую версию основной. Не стоит путать фамилию с созвучными еврейскими фамилиями вроде Сутайской — у них совсем другая, идишская этимология.

Таким образом, фамилия Султайкина — это память о предке по имени Султай. В крестьянской среде, где фамилии часто закреплялись в XVIII–XIX веках, такое имя мог получить ребёнок в семье, где уважали власть или просто хотели дать сыну «громкое» имя, пусть и в уменьшительной форме.