Фамилия Султанкин образована от имени или прозвища Султанка. Вопреки первому впечатлению, напрямую с титулом «султан» она связана лишь отчасти. В русской среде прозвище Султан или уменьшительное Султанка давали не правителю, а человеку с заметными «восточными» чертами: смуглому, черноволосому, либо тому, кто побывал в южных землях или торговал с ними. Реже так могли прозвать вспыльчивого, властного человека — в ироничном смысле.

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков: основа на -а (Султанка) плюс притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — «сын Султанки». Это крестьянский и посадский тип фамилий, характерный для центральных и южных областей России. Форма на -кин (Султанкин) вместо ожидаемого -ин — не ошибка, а результат фонетического процесса: после заднеязычного -к- суффикс -ин звучит как -кин, и написание закрепилось.

Стоит отличать Султанкина от однокоренных Султанов, Султановский и Султаншин. Первая — прямая отчество от тюркского имени Султан (у татар и башкир распространённая фамилия), вторая — польско-украинская, а третья — татарская с суффиксом принадлежности. Султанкин же — русская фамилия по происхождению, хотя её корни уходят в татаро-монгольскую и османскую лексику.

В дореволюционных метрических книгах Султанкины встречаются в Тамбовской, Рязанской и Пензенской губерниях — там, где было много служилых татар и крещёных «инородцев». Возможно, предок носителя фамилии и сам был выходцем из татарской среды, принявшим православие, но ко времени закрепления фамилии его уже называли по-русски — Султанкой.

Фамилия редкая: в современной России её носит не более нескольких сотен человек. Это не делает её «уникальной» в генеалогическом смысле, но позволяет предположить, что большинство Султанкиных — потомки одной или двух ветвей, а значит, при глубоком поиске можно найти общих предков в XVII–XVIII веках.