Фамилия Супханова образована от мужского имени Супхан, которое представляет собой русскую адаптацию мусульманского имени Субхан (араб. سُبْحَان — «слава», «хвала»). В тюркских и кавказских языках, особенно у татар, башкир, кумыков, имя Субхан (или Супхан в просторечии) нередко давали как часть составного имени, например, Субханкул («раб Всевышнего») или Субхангул («слуга Всевышнего»). Усечённая форма Супхан закрепилась как самостоятельное личное имя, от которого по стандартной модели с суффиксом -ов/-ева и образовалась фамилия.

Словообразовательная цепочка проста: Супхан + -ов(а). Суффикс -ов указывает на принадлежность, то есть Супханова буквально означает «дочь (или жена) Супхана». Фамилия типична для русского документооборота XIX–XX веков, когда фамилии фиксировались по отчеству: Супханов сын — Супханов, Супханова дочь — Супханова. Важно, что фамилия не тюркская по суффиксу, а именно русская по форме — это калька с отчества, которая встречается у многих народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии, принявших русскую паспортную систему.

Географически фамилия Супханова распространена в нескольких регионах: заметные следы — в Татарстане, Башкортостане, Дагестане, а также в среде татарской диаспоры в Средней Азии. Реже встречается у русских, но в таком случае могла быть получена через смешанные браки или усыновление. В дореволюционных метрических книгах по Казанской губернии фамилия фиксируется у крещёных татар, где имя Супхан могло быть вариантом крестильного имени, но это скорее исключение.

Есть версия, что Супхан — это искажённое «Софьян» (араб. صوفيان — «мистик», «аскет»), но она менее убедительна: в тюркских языках звук «ф» часто заменяется на «п», но переход «с» в «ш» нехарактерен, а имя Субхан гораздо чаще встречается в ономастических справочниках. Поэтому основная версия — от арабского «слава» через тюркское посредничество — остаётся наиболее вероятной.

В советское время фамилия не меняла написания, хотя в документах встречаются варианты Супханова и Супханова (с ударением на второй слог). Носители фамилии — в основном потомки крестьян и ремесленников из татарских и кумыкских аулов, где имя давали в честь религиозных понятий, а фамилию оформляли уже при получении паспорта. Сведений о дворянском происхождении или массовой миграции носителей нет — фамилия бытовая, без исторических аномалий.