Фамилия Супунова — женская форма, а мужская, Супунов, образована с помощью стандартного русского суффикса -ов. Это указывает на то, что в основе лежало личное имя или прозвище предка — Супун. Сама фамилия относительно редкая и не относится к числу широко распространённых дворянских или крестьянских родов, что делает её происхождение особенно интересным для разбора.

Корень «супун» в русских говорах имеет несколько значений, и чтобы понять, кем мог быть предок, нужно заглянуть в диалектную лексику. В северных и сибирских говорах «супуном» называли нерасторопного, вялого человека, а также того, кто постоянно хнычет или капризничает. Слово происходит от глагола «супить» — хмуриться, быть недовольным. Таким образом, прозвище Супун могли дать либо угрюмому человеку, либо, наоборот, медлительному и плаксивому. В некоторых областях «супуном» называли и просто неряху.

Вторая, менее очевидная версия связывает фамилию с географическими названиями. На карте России встречаются топонимы Супуны (например, в Кировской области). В этом случае фамилия могла указывать на выходца из такой деревни: «Супун» — житель Супун, а его потомки стали Супуновыми. Однако первая версия, с прозвищем, выглядит более правдоподобной, так как фамилии на -ов от топонимов чаще образуются через суффикс -ский (Супуновский).

Словообразовательная модель проста: основа «супун» плюс патронимический суффикс -ов, который в русском языке закрепился в значении «чей?», «сын кого?». То есть Супунов — это буквально «сын Супуна». Фамилия не имеет тюркских или иноязычных корней, она исконно русская, диалектная. Встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, но из-за редкости точную географию бытования установить сложно. В отличие от фамилий вроде Иванов или Кузнецов, Супунов не связан с массовыми профессиями или церковными именами — это прозвищная фамилия, отражающая личную характеристику человека.