Фамилия Сусойкина образована от имени Сусойка — производной, «домашней» формы христианского имени Сисой. В переводе с древнееврейского это имя предположительно означает «шестой» или «беломраморный». В православной традиции известны два святых покровителя этого имени: преподобный Сисой Великий, чья память приходится на 19 июля, и преподобный Сисой, схимник Печерский, которого почитают 10 сентября, 11 октября и 6 ноября. Имя было достаточно распространено в старину, а его уменьшительные формы дали жизнь целому ряду русских фамилий — от Сисоева до Сусойкина.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Сусойкин буквально означает «сын Сусойки». Такая модель типична для фамилий, которые складывались в среде простого сословия, — крестьян и посадских людей. Скорее всего, основатель рода Сусойкиных был человеком незнатного происхождения, и фамилия закрепилась за его потомками через отчество, без дворянских притязаний.

Существует и другая, менее правдоподобная версия происхождения. Согласно ей, имя Сусойка восходит к финно-угорскому корню, а именно к коми-пермяцкому слову «сус» — «кедр». Эта гипотеза выглядит сомнительной: она не объясняет, почему в основе лежит именно имя, а не прозвище, и не подкреплена устойчивой традицией бытования такого имени в финно-угорской среде. Куда естественнее видеть здесь народную переделку церковного Сисоя — такие трансформации, когда книжное имя обрастало просторечными формами, были обычным делом в русской деревне.

Интересно, что написание через «у» в первом слоге — Сусойка — само по себе говорит о живом произношении. В говорах имя Сисой нередко звучало как Сусой, отсюда и форма с привычным для уха «у». Фамилия Сусойкина встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, где имя Сисой почиталось особенно, — в тех местах, где крестьянские семьи веками хранили верность традиционным святцам.