Фамилия Сусойкина образована от имени Сусойка, которое представляет собой производную форму христианского имени Сисой. Предположительно, имя Сисой в переводе с древнееврейского означает «шестой» или «беломраморный». В истории православия известно два святых покровителя этого имени: преподобный Сисой Великий, день памяти которого приходится на 19 июля, и преподобный Сисой, схимник Печерский (10 сентября, 11 октября и 6 ноября). Скорее всего, основатель рода Сусойкиных был человеком из простого сословия. Согласно другой, менее правдоподобной версии, фамилия Сусойкина происходит от финно-угорского имени Сусойка, которое восходит к коми-пермяцкому слову «сус» - «кедр». Таким образом, потомок человека, которого звали Сусойка, со временем получил фамилию Сусойкин.