Фамилия Сусойкины — редкий пример, где основа и суффикс вступают в неожиданное сочетание. В русских фамилиях суффикс -ин обычно крепится к основам на -а, -я (типа Сусойк-ин), а суффикс -ов — к основам на согласный. Здесь же мы видим -ов, хотя исходное прозвище явно оканчивалось на -ка: Сусойка. Это может указывать на то, что фамилия складывалась в говорах, где граница между патронимическими суффиксами была размыта, или же что форма Сусойков — более поздняя, книжная, возникшая при переписи, когда писарь «исправил» окончание на более привычное для фамилий на -ов.

Прозвище Сусойка, от которого всё пошло, скорее всего, происходит от диалектного глагола «сусойкать» или «сусойть». В северных и сибирских говорах так называли человека, который делает что-то неловко, медленно, возится без толку, или же того, кто говорит невнятно, мямлит. Есть и другая, менее вероятная версия: связь с «сусой» — так в некоторых местах называли вид шапки или головного убора. Тогда Сусойкой могли прозвать мастера, который такие шапки шил, или человека, который их постоянно носил.

Фамилия Сусойкины — недворянская, крестьянская или мещанская. Встречается она крайне редко, и основная её география — Вятская губерния (современная Кировская область) и прилегающие районы Удмуртии. Это подтверждает севернорусское происхождение основы, так как именно в тех краях «сусойкать» было в ходу. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Сусойков, Сусоев, Сусой — то Сусойкины стоят особняком благодаря суффиксу -к-, который в русских прозвищах часто придавал оттенок уменьшительности или пренебрежения, то есть исходное прозвище могло быть не просто описательным, а ещё и слегка насмешливым.