Фамилия Сусоев образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с помощью патронимического суффикса -ев, который присоединялся к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или й. В данном случае основой послужило личное прозвище Сусой, а фамилия буквально означала «сын Сусоя», то есть потомок человека, носившего это прозвище. Подобные именования, где прозвище отца становилось наследственным семейным прозванием, широко представлены у восточных, западных и южных славян, поэтому Сусоевы вписываются в общий культурный контекст славянского мира.

Происхождение самого прозвища Сусой неоднозначно, и здесь стоит рассмотреть несколько версий. Наиболее вероятная связывает его с существительным «суса», которое в некоторых русских говорах обозначало дорогую восточную ткань, привозимую купцами из Персии и Средней Азии. Если придерживаться этой гипотезы, то прозвище Сусой мог получить купец, торговавший такими тканями, либо человек, который часто носил одежду из этой материи и тем самым выделялся среди окружающих. Впрочем, есть и другая трактовка: в коми языке слово «сус» означает «кедр», и тогда прозвище могло указывать на внешние черты обладателя — так могли назвать сильного, могучего человека, сравнивая его с крепким кедровым деревом. Вторая версия выглядит вполне правдоподобной, поскольку прозвища по физическим качествам были чрезвычайно распространены в крестьянской среде.

Прозвище Сусой закреплялось за человеком как наиболее употребительное обиходное именование, а со временем, когда у его детей и внуков возникла потребность в фамилии, оно превратилось в родовое прозвание Сусоевы. Такая модель — от прозвища к фамилии через отчество — типична для русской антропонимии XVI–XVII веков, когда фамилии только начинали формироваться у непривилегированных сословий. При этом важно понимать, что процесс этот был длительным и не всегда привязан к одной местности: разные носители прозвища Сусой могли независимо друг от друга дать начало разным ветвям рода в разных регионах.

Судя по документальным свидетельствам, фамилия Сусоевы бытовала преимущественно в Сибири и на Урале. В Книге памяти Алтайского края упоминается Андрей Михайлович Сусоев, родившийся в 1912 году в Томской губернии, а в Книге памяти Омской области — Василий Тимофеевич Сусоев, появившийся на свет в 1873 году. Эти записи, сделанные уже в советское время при составлении списков репрессированных и пропавших без вести, косвенно подтверждают, что к началу XX века фамилия прочно осела в западносибирских губерниях. Возможно, предки Сусоевых двинулись за Урал в ходе крестьянских переселений XIX века, когда правительство активно заселяло плодородные земли Томской и Тобольской губерний.

Окончательно говорить о точном времени и месте возникновения фамилии Сусоев можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований с привлечением архивных материалов — ревизских сказок, исповедных ведомостей и метрических книг. Но уже сейчас ясно, что перед нами не случайное и не привозное именование, а органичный продукт русской народной культуры, в котором сплелись и торговые связи с Востоком, и природные образы северных лесов, и типичная для славянского мира словообразовательная логика.