Фамилия Свисенко образована по одной из самых продуктивных моделей украинской ономастики — с помощью патронимического суффикса -енко. Такие фамилии массово закрепились в левобережной и южной Украине в XVI–XVII веках. Суффикс -енко указывал на «сына» или «потомка» человека, чьё имя или прозвище стало основой. В данном случае основа — Свис.

Что стоит за этим Свис? Самый прямой путь — от прозвища Свис, связанного с глаголом «свисать». Так могли прозвать человека с длинными усами, бородой, чёлкой или, скажем, с привычкой носить одежду, которая болталась, свисала. В говорах «свислый» означало обвисший, понурый — прозвище могло пристать к медлительному или сутулому человеку. Менее вероятно, но нельзя исключать связь с диалектным «свист» или «свиснуть» (свистеть), однако фонетически форма «Свис» для такого корня нетипична: обычно в прозвищах от глагола «свистеть» остаётся корень «свист-» (Свистун, Свистов). Поэтому версия со свисанием выглядит убедительнее.

Свисенко — фамилия преимущественно украинская. Её география тяготеет к Полтавской, Черкасской, Киевской областям, где суффикс -енко особенно распространён. В русских переписях и ревизских сказках она встречается реже, обычно среди переселенцев с Украины. Интересно, что в документах XVIII–XIX веков можно встретить вариант Свисѣнко (с ятем), что отражает местное произношение.

Родственные фамилии по той же основе — Свисов, Свисовский (русские, с суффиксами -ов, -ский) и Свисюк, Свисюра (украинские, с другими суффиксами). Все они восходят к одному прозвищу, но Свисенко — самая типичная для своего региона, где -енко было главным способом назвать сына или внука по отцу.