Фамилия Свисеунова — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить интуитивное желание искать в ней корень «свист» или «свисать», становится понятно, что перед нами скорее всего искажённое или диалектное написание более известной основы. Наиболее вероятная версия: фамилия образована от прозвища Свисун или Свисеун, которое, в свою очередь, связано с глаголом «свисать». В русских говорах «свисуном» могли называть человека с длинными, свисающими усами или бородой, либо того, кто постоянно ходит с опущенной головой, «свиснув» нос. В этом случае фамилия принадлежит к типичной модели на -ов/-ев: прозвище Свисун → Свисунов (сын Свисуна). Форма Свисеунова возникает из-за аканья или особенностей местного произношения, где безударное «у» перешло в «е», а затем закрепилось в документах.

Менее распространённая, но лингвистически допустимая версия отсылает к диалектному слову «свись» — так в некоторых областях называли сырость, слякоть или мокрый снег. Прозвище Свисеун мог получить человек, живший в болотистой местности, либо тот, кто работал с водой, например, рыбак или лодочник. Однако эта версия слабее, так как слово «свись» фиксируется редко, а суффикс -еун в русских фамилиях нетипичен — он скорее характерен для украинских прозвищ (ср. Грицун, Петрунь), что может указывать на южнорусские или малороссийские корни носителя.

Обращает на себя внимание окончание -ова: фамилия стоит в женской форме. В документах и бытовом общении это означает, что исходная мужская форма — Свисеунов. Сословная принадлежность предков неясна: фамилия не встречается в списках дворянских родов, а её редкий и «говорящий» характер типичен для крестьянской или мещанской среды, где прозвища давались по внешности или привычкам. В современных базах данных фамилия Свисеунова встречается единично, преимущественно в центральных и южных регионах России — это подтверждает её локальное, а не массовое происхождение.