Фамилия Святохренопупенко — редчайший случай в русской ономастике, где в одном слове столкнулись церковнославянское «свято» (святой), обсценное «хрен» и просторечное «пуп» с уменьшительным суффиксом. Такое сочетание почти наверняка не могло возникнуть естественным путём в крестьянской или мещанской среде XVIII–XIX веков. Скорее всего, перед нами искусственное образование — прозвище, шутка или литературный псевдоним, который позже закрепился как фамилия.

Словообразовательная модель прозрачна: основа «Святохренопупенк» плюс типичный украинский суффикс -енко, указывающий на потомка («чей-то сын»). В украинской традиции фамилии на -енко массово формировались в XVII–XVIII веках, но основа для них бралась из имён, прозвищ или профессий. Здесь же корни «свят-» и «хрен-» дают гротескный контраст: первая часть отсылает к религиозной лексике (Святой, Святополк), вторая — к растению хрен, которое в народной речи имело и неприличное значение. «Пуп» (пупок, центр) могло означать либо физическую особенность, либо ироничное «пуп земли».

Вероятнее всего, фамилия возникла в среде украинского казачества или городских низов как намеренно пародийное прозвище для человека, который, например, излишне ханжил или, наоборот, богохульствовал. Подобные «смеховые» фамилии встречались у запорожцев: Святохренопупенко стоит в одном ряду с такими же экзотическими образованиями, как Непийпиво или Вырвидуб. Однако в отличие от них, у этой фамилии нет ни одного документального подтверждения в ревизских сказках или метрических книгах — ни один серьёзный ономастический справочник (Унбегаун, Никонов, Веселовский) её не фиксирует.

Поэтому основной ответ прост: фамилия, скорее всего, не историческая, а окказиональная — придуманная в шутку или для художественного текста. Если вы встретили её в реальной жизни, то, возможно, перед вами потомок человека, который взял себе броский псевдоним в советское время, или результат недавней смены фамилии. Искать в ней глубокий родовой смысл не стоит — это лингвистический курьёз, а не отражение профессии или места предков.