Фамилия Сынтина — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Сынтин. Она образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей сын?» — Сынтин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Сынтя.

Прозвище Сынтя, скорее всего, связано с диалектным словом «сынтя» — так в некоторых русских говорах, особенно на севере и в Сибири, называли сына, мальчика или парня. Уменьшительно-ласкательная форма с суффиксом -т- (сравните: брат — братя, дитя — дитя) могла закрепиться за младшим сыном в семье или за человеком, который постоянно поминался как «сынок». Вряд ли это было официальное имя — скорее уличное прозвище, данное по возрасту или положению.

Есть и другая, менее вероятная версия: основа могла восходить к тюркскому или финно-угорскому корню, но для фамилии Сынтина, распространённой в центральной России, славянская этимология выглядит убедительнее. Суффикс -ин в фамилиях — один из самых частых, он встречается у крестьян и мещан, поэтому сословной привязки у Сынтиных нет: предки могли быть и крепостными, и вольными хлебопашцами, и посадскими людьми.

Географически фамилия встречается в Поволжье и на Урале, но без массового скопления. В документах XVIII–XIX веков Сынтины фиксируются как крестьяне и однодворцы, что подтверждает народное происхождение прозвища. Сравните с однокоренными фамилиями Сынков, Сынов, Сыночкин — все они построены вокруг того же корня «сын», но Сынтина отличается редким суффиксом прозвища, который почти не встречается в других фамилиях на -ин.