Фамилия Сынюшко звучит скорее по-украински или по-белорусски, чем по-великорусски, и в этом её главная особенность. Суффикс -ко — один из самых характерных для украинской и южнорусской ономастики, он указывает на уменьшительно-ласкательную или патронимическую форму. Если бы фамилия была просто Сынов или Сынь, корень был бы прозрачнее, но тут добавляется ещё и суффикс -юшк-, который усиливает значение ласкательности: Сынюшко — буквально «маленький, дорогой сын» или «сыночек».

В основе лежит слово «сын». Но не в прямом значении родства, а скорее в прозвищном. В старину на Руси и в Речи Посполитой «сыном» могли назвать младшего в семье, неженатого парня или даже подмастерья. Фамилии на -ко (Сынюшко, Синюк, Сынец) часто давали безземельным крестьянам или казакам, у которых не было наследственной фамилии, — их просто «сынкали» в быту.

Географически фамилия тяготеет к западу: чаще всего Сынюшко встречается в Гомельской, Брестской областях Беларуси и в приграничных районах Украины (Волынь, Житомирщина). В России она редкая, и если встречается, то почти наверняка у потомков переселенцев с запада империи. Спорных версий здесь немного: корень ясен, и альтернативные объяснения (например, от «синий» через диалектное «сыний») маловероятны — ударение в фамилии падает на второй слог (СынЮшко), что сохраняет связь именно с «сыном», а не с цветом.

Исторически носители фамилии, скорее всего, были из крестьян или казаков — шляхетской фамилией Сынюшко не была, так как не имела дворянского суффикса -ский. Фамилия фиксируется в метрических книгах XIX века на территории Минской губернии, что подтверждает её народное, а не книжное происхождение.